江戸時代の庄屋はたしかに百姓身分だが、戦国大名の家臣がなることが多かったわけで、べつにイミフではないと思うよ
石田純一の先祖の場合は、六代前の祖先まで武士で、その家系を遡ると関が原あたりの戦いで紀州徳川の末端につながる武士だったらしい
その六代前の祖先が、ある村の庄屋として派遣されたとのことだ