幕政を動かしていた官僚たちの大半は義昭に同行せず京都残留、信長に従っていた

室町将軍15代に含まれない堺幕府が幕府の官僚の少なからぬ部分を引き入れていたのと違い、鞆幕府（公方）としての義昭は幕府の名に値しない亡命政権。
将軍職を保持しているだけで政治的な実態はすでに失っている。

この時点で信長は、簒奪者・成り上がり扱いながらも、すでに天下人であり、室町幕府に代わる新政権として広く認められている。
それゆえに、室町幕府滅亡とみなされるわけ。