＞難波は讃岐なら孝徳天皇の難波宮は香川にあったってこと？

孝徳天皇の時代まで下るとどうでしょう。　今はまだよく分かっていません。　

＞大化の改新があった板蓋宮は小松島？

そうでしょう。

＞蘇我馬子、蝦夷、入鹿の墓ってみんな徳島にある？

石井町に古墳時代前期の「曽我氏神社古墳群」がありますが、そこに葬られているかは分かっていません。
http://awakouko.info/modules/xpwiki/?%C0%D0%B0%E6%C4%AE%2F%C1%BE%B2%E6%BB%E1%BF%C0%BC%D2%B8%C5%CA%AF%B7%B2