院政期の皇室領荘園はけっこう寺院名義になっていますし
課税はともかく
世俗サイドからの攻撃や圧力をかわしやすいという側面はあったと思います。
五山が特にそうですが、寄進者や外護者は住職人事に介入できることが多いですから
実質的な支配権はにぎっています。
ますますずれますが正倉院の宝物が長らく護持されたのも寺院管理だったことが大きいですし。