素人の推測なんですが。

要素は２つあって、
１つは保護用の電子回路が入っているかどうか、
もう１つはセパレータや電極などを厚く大きく使うかどうか、
で容量が変わってくると思います。

電極やセパレータの体積が大きいと電解液が減るので１回当たりの容量は減りますが、サイクル寿命は長くできます。
あちらはニッケル水素電池ですがエネループも３種類ありますよね。プロ、ノーマル、ライト。
https://panasonic.jp/battery/charge/img/eneloop/img05.jpg