細かい話になるけど、カバー曲はJASRACの権限外なので製作者に直接許諾を取らないと収益化の有無以前に違法だよ

カバー曲のCD制作における編曲権処理について
http://www.techvisor.jp/blog/archives/2340

「既存の音楽作品を、編曲したり、替歌にしたり、詞を翻訳するなど、改変して公表する場合には、事前に原作品の著作権者の許諾を得る必要があります（著作権法第27条）。
JASRACは、これらの権利については管理委託を受けていないため、音楽出版者などの著作権者から、直接、許諾を得ていただくことになります。」
http://www.jasrac.or.jp/info/27.html

編曲権は結構みんな知らないんだよな
まぁ同人誌みたいにお咎め無しが多いからなんだけど