烏丸蓮耶は黒の組織のボスだろ。青山剛昌の言葉を思い返してみろ。
実は阿笠博士が黒幕であることは否定されていない。否定したのは黒の組織のボスでは無いということ。
なので、烏丸蓮耶は死んでいて、阿笠博士は烏丸蓮耶の息子で、不老不死の研究をしているとするなら話は繋がる。
死者がボスでも、阿笠博士が代わりに指示していれば問題ないからな。