自動で起動するauID設定とau通信品質レポートは、無効化してしまっても問題ないでしょうか？

普通にauメールを使っていると、ダブル定額Zの500KBで収めるのは難しいですね。
必然的にスーパーカケホでななくVKプランSを選択することになります。
ドコモなら、カケホと10MBの定額の組合せが選択できるのに・・・
まあ、通話はほとんどせずにCメールはそこそこ使うので、無料通話分の充当を考慮するとそこまで差は開きませんが。