TeXと云う組版ソフトがあります。
主に理系の人が使っていますが，藤田眞作先生のご尽力によって，
縦組みを綺麗に出来るアドオンが開発されています。
この中に漢文訓読の出来るものがあります。
その実例は
「漢文の部屋」
http://fomalhaut.web.infoseek.co.jp/kanbun/kanbunnoheya.html
にいくつもあります。
ここでは，JIS第一，第二水準にない文字でも，Adobeが提供している
文字セットAdobe-Japan 1-5(全20,307字）はすべて使用できます。