A bird flies.　の場合、「鳥が飛ぶ。」では間違い。「鳥は飛ぶ。」が正しい。
A bird is flying.の場合、「鳥は飛んでいる。」では間違い。「鳥が飛んでいる。」が正しい。
The bird is flying.の場合、「鳥が飛んでいる。」でも間違いではないけど、「鳥は飛んでいる。」にするのがよい場合が多い。
A boy will come.の場合、「少年は来る。」では間違い。「少年がくる。」
The boy will come.の場合、「少年が来る。」でも通るけど、「少年は来る。」のほうがニュアンスが伝わる場合が多い。
「は」と「が」は、場合によっては全く違うから混同してはいけない。
日本語学習中でまだ自信がない外国人は、極力「は」「が」を省略するのがいいでしょう。
「あの子、来ますね」「私、ウナギたべます」「少年、来ましたか」「鳥、飛ぶ」という風に。