日本本土でさえ、熊襲、隼人、種子島や屋久島、出雲、吉備、東北蝦夷が歴史の中で同化していくのに二千年近くの時間ががかかっている

律令制、鎌倉幕府による地頭職の配置、室町時代の内戦、参勤交代、封建時代に独自の契約体系、官僚体制が培われるのを経て、東日本と西日本とで、ようやくひとつの文化体系、政治体系を共有することができるに至ったわけだし

沖縄にしろアイヌにしろ、縄文時代以来、数百年単位に及ぶ交流があった
両者供に縄文時代からの農耕民族で、原初日本の文化を本土よりも残していたし

ただ、本来は更に300年かけないとできなかった同化を、江戸時代に両者を異民族のように徹底的に隔離し都合よく使役していたたのは不幸な時代だと思う

日本のようになりたくてもそれを数世紀も許してくれなかった

だから幕末明治になって慌てて着手するようでは、本土以上の歪みや差別が発生してしまうことになる

それでも彼らの多くが日本人になることを望んでいたのは紛れもない事実であり、日本が本来持っていた多様性を考える上で、辺境の目を通すことで違う側面が見えてくるのだと思うよ