残念ですが
＞数十年分の差額を請求されるのか、詐欺罪で訴えられるのか
こんな事態にはまずならない

領収書の提出求められてないってことは距離に応じて支払われる規定だろうから
基本的に会社が認められない交通手段以外は何使ってもいいはず。
>>690の言う通り会社に申請してない通勤経路使ってたことが問題なので
注意くらいは食らうかもしれんけど
ロッカーの整理してるような時期に発覚してももう退職金の査定もすんでるはずだし
それをひっくり返すほどの材料にはなりえない

そもそも数十年やってた証拠もないわけだしね