Q：
何で硬式野球に授与される天皇杯はプロ野球日本一じゃなく東京六大学優勝校なんでしょうか？

A：
東京六大学野球のルーツは明治時代に行われた早慶戦に端を発し、
そのムーブメントが大正次代に全国高校野球となり、日本を野球大国としました。

東京六大学野球が始まったころよく皇室の方々が見に来ていました。
その縁で摂政杯が裕仁親王（後の昭和天皇）より下されました。
プロ野球の発足は昭和になってから、今のように発展したのは戦後です。
その時、既に東京六大学野球連盟は天皇杯を賜っていたのです。
経済的に巨大だからと言って日本野球の原点であり生みの親であり礎でもある
東京六大学野球連盟から簡単にシフトはしないです。

権威と言うのは必ずしも「金持ち」「一番強い」では無いのです。