国際海洋法
https://www1.doshisha.ac.jp/~karai/intlaw/docs/unclos1.htm

第二十条　潜水船その他の水中航行機器
　　潜水船その他の水中航行機器は、領海においては、海面上を航行し、
　　かつ、その旗を掲げなければならない。

日章旗じゃ商船と見分けがつかない

「所属旗を掲げないと行けない」とある

自衛隊は自衛隊法によって所属旗として旭日旗を制定
日章旗は国籍旗であり所属旗としていない

拠って代替にならない