＞「韓国海軍から全参加国に対して、『自国の国旗と韓国国旗をマストに掲揚する』及び『艦首及び艦尾の旗は掲げない』旨の統一指示が示されたところでございます」

参加各国に統一的に出されたとして、軍艦は治外法権なんだろう。それにこれは命令じゃなく要望事項だろう。
要望事項なら各国は従う必要はない。日本も従いません日本国内法により掲揚する。って言ってる。
しかしその後「旭日旗を掲揚すれば査閲はしない」って追加された。（大臣も言ってる）
この追加された項目は日韓の口頭折衝時点で言われているので各国に書面で通達が行っていない可能性が有る。