この手のはコーデックスていう国際的な取り決めがあって、
http://www.maff.go.jp/j/syouan/kijun/codex/standard_list/
分析値の違いの比較だと
CAC/GL 70-2009 分析(試験)結果をめぐる紛争解決に関するガイドライン
てのがある。

基準値超えてるなら、
韓国の測定値-日本の測定値>韓国の測定誤差と日本の測定誤差の合成誤差(正確には誤差でなく拡張不確かさ)

なら韓国の言い分通る場合もある。
たとえば日本の測定値が基準値下回ってるけど日本の測定誤差が無茶苦茶大きくて測定値に測定誤差足したら基準値超えちゃってて、韓国の測定値が基準値上回っているけど韓国の測定誤差が小さい場合。

ただ、そもそも韓国の測定値で基準値下回ってたら返す名分たたないはず。

ただ、日本側としては、たとえば測定値だけ見て上か下かでは不十分で、いちゃもんつけられないように測定値+測定誤差<基準値となる検査をしておけば良い。