鯖統合は運営にとって損のほうが多そうだから、こうしたほうがいいと思う

対象過疎鯖プレイヤー全員に 3ヶ月間何度でも 過疎鯖⇔希望移住先鯖 鯖移動無料無期限チケット を配るのがいいと思う
対象過疎鯖は廃止しないで、新規キャラを対象過疎鯖に作れないようにして、非対象プレイヤーの対象過疎鯖への移住も禁止すればいい
対象過疎鯖は幽霊プレイヤー鯖として残ることになるが、元々仮想マシン鯖なんだから存続させといても運営はほとんど損をしない

このあたりが運営もプレイヤーも損が少なくて済む落とし所だと思う