終の女神シバを倒した主人公だが、直後に【深遠なる闇】の依代にされてしまった。主人公は【仮面】の力で時を遡り、宇宙が誕生する前の時間へと飛ぶことで自分諸共【深遠なる闇】を葬ろうとする。光と闇が共に在ることができないように、主人公と【深遠なる闇】も未来に存在することは叶わないはずだった。
しかし主人公が未来を望んだ時、その声を聞いたアルがヒツギの前へと現れ、主人公の窮状を伝える。今まで助けてもらっていたことに報いるべく、ヒツギはアルの導きによって時空の狭間へと突入。同じく主人公を助けに来たハリエットと合流して、主人公を蝕む闇を祓おうとする。だが深き闇は、浄化の力を以ってしても打ち消すことはできなかった。しかしシオンに導かれたマトイが加わったことで三人の想いが集い、ついに主人公を闇から救い出す。
そして【深遠なる闇】は行き場を失ったことで破壊の意志として形を取り、【原初の闇】となった。ヒツギは最後まで主人公に力を貸し、主人公もまた仲間との絆によって生まれた新たな力を手に【原初の闇】を滅ぼしたのだった。