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WAVとFLACとで音に差があるのはなぜか、という英文記事がJPLAYのFacebookで紹介されました。
翻訳許可が無いので掲載できませんが、タグ、特にアルバムアートが音を悪くしていると書かれています。
WAVに変換後、MP3tagなどで全てのタグとアルバムアートを消去してみてください。タグ検索ができなくなることと引換えに、至極の澄切った音に誰もが酔いしれることでしょう。

ほんとかいな(　´Д｀)