俺は狭い部屋（6畳以下、もしくは8畳以下くらい）の場合はプリメインアンプをオススメする。
狭い部屋の場合機器が1個増えるだけで、ルームアコースティックは乱れるわ機器の熱で暑いわで最悪。
狭い部屋だとラック積み上げただけで音が乱れるし、機器が1個増えただけで6〜9月はエアコン必須になってしまう。

それ以上の広さの部屋なら、当然セパレートをオススメ。
セパレートを使う場合の注意点は、設置ミスや電源ケーブルの選択ミスなんかのミスも倍になってるという点。
プリメインアンプを設置ミスした場合1ウンコチンチンで済むが、
セパを設置ミスしたら2ウンコチンチンになるので、この場合プリメインのほうが音がいいなんてこともありうる。
その点に気をつけて使えば、セパのほうが音がいいが、ここで言う音とは音質のことじゃない。
セパが優れてるのはもっとオーディオ的な要素が大半で、分離だとかスケール感だとか立体感だとかそういう部分。
だから、非オーディオマニアの一般人（音像や音場なんてどうでもいい人）に聴かせても、
上手く扱われたプリメインと上手く扱われたセパの違いが分からなかったりする。