FAQ読んでみた。

JREポイント化のデメリットは
JR東日本が運営していない他の
ポイントへの移行が出来ない事だね。（FAQにはデメリットは無いと書いてあるが）

Suicaポイントの加盟店で
JREポイントが貯められるようになるが、
最終的には加盟店の判断だな。
利用者が移行手続きが必要なように加盟店でも手続きが必要だろう。

ポイントの貯め方は従来通りだが、JREポイントカードを持っている人はややこしそう。
JREポイントが貯まると書いてあっても
貯められないんだから。