1MHzはサンプリング1000ks/sの時が最も大きくSメータで-100dBm位、500kHzはサンプリング500ks/sの時が最も大きく-105dBm位です。どちらの逓倍波も5〜6MHz辺りでノイズに埋もれます。
また、サンプリング2000ks/sの時に信号を中心にして周波数を動かすと両側に高低調波の様なものが動かした分量だけ移動して現れます。これが必ず中心周波数に張り付いているためにかなり目障りです。
自宅と会社で試しているので、環境によるものでは無いと考えています。
サンプリング周波数の切替で変化することと、見える周波数から考えてADコンバータ辺りが原因かと勝手に想像してます。

仕様なら仕方ないのですが、不具合なら修理も検討しなければならないので、皆様の意見を聞かせていただきたいです。

S/Nは私のも某ショップにあったのも02100番位でした。