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私も原因はそんな所だろうと考えてます。
ただ、ググってもその辺りの情報が無いので、皆さんの機材はどうかなと思い聞いてみました。

空中線を接続し、Spanを6.3kHzにするとﾉｲｽﾞﾌﾛｰが-140dBm位なのでS/Nが30dB程になります。
十分認識出来るﾚﾍﾞﾙなので、まさに目障りです。便利になった分、気になる箇所も増えるんですね。
Span200kHz以上ででﾉｲｽﾞﾌﾛｰも-100dBm程度になるので気にならなくなります。っていうか外来波と分離識別できなくなります。
ﾒｲﾝｳｨﾝﾄﾞSpanをそこまで狭くする機会は少ないですが、ｾｶﾝﾄﾞｳｨﾝﾄﾞの方はBPFの調整等で狭く設定してあるので、やはり気になります。

ｻﾝﾌﾟﾘﾝｸﾞの変更やBPFの設定等、運用で十分ｶﾊﾞｰ出来るので実用上問題ありませんし、かなり気に入ってますが、1度気になってしまうとなんだかついつい目が行ってしまいます。