iQOSにしたら咳が〜というのは定番。
紙巻きやめたら煙が入ってこないので気管支の繊毛運動が活発になる。
そして気管支に残っている異物を排出しようとする。

それにより、喫煙中より多く咳が出る事がある。

紙巻きに戻して咳が止まったのは、煙で気管支の繊毛活動が鈍くなったため。

ということが考えられます