ひとつ目の液体爆薬が爆発したと仮定  
成分特定からの流れ
1、宇佐見さん 爆薬の成分を特定
2、爆薬処理担当  何本もある中から中和剤を選び出す
(特別なんとか隊員突入、誰かが爆薬確保
 犯人ひとつめの爆薬のスイッチオン、 1液と2液が混合) 
3、爆薬処理担当  中和剤注入

間違いが起こるとすると
1で鑑定違い
2で思い違い(中和剤を選ぶとき間違えた)
3で中和剤の混合が間に合ってなかった
その他 そもそも中和剤に効力がなかった、不良品その他

3番の可能性が一番高そう