自らの迷いが招いた結果に絶望し、ゴジラにもう勝てないと心が折れてしまうが、
自身がナノメタルに侵食されなかった事を奇跡とすることで地球人をカルトに引き込むメトフィエスに次第に不信感を抱き始める。
更にビルサルドが自分の処刑を求めてアラトラム号で反乱を起こす事態となり、和解する時間を稼ぐために身を隠すことになるが、
その中で生き残って命を繋げば勝ち、死んで消えれば負けというフツアの価値観を知り、マイナと結ばれる。
ほどなくしてギドラが降臨し、それによる異常現象を目の当たりにしたハルオはメトフィエスが何かを企んでいることを確信し、
その真の目的を知るためにメトフィエスと対峙するが、ガルビトリウムを右目に埋め込んだメトフィエスによって
精神世界へと取り込まれてしまう。過去の凄惨な記憶を辿り、滅びの救済を説くメトフィエスに一度はなびきかけるが、
両親がつけた自身の名の意味を思い出してメトフィエスを退け、
ガルビトリウムを砕くことでゴジラがギドラに勝利する決定打を作った。
ギドラとの戦いを終えてからはフツア族との共生を選び、妻になったマイナとの間に子どもを授かるが、
ヴァルチャーの再起動の際にメトフィエスの声が届き、文明が再興し、ゴジラを怪獣たらしめる憎しみを持つ自分がいると、
再びギドラがこの宇宙に現れてしまうことを悟る。そのためハルオは活動状態のナノメタルを宿すユウコを連れて、
再起動したヴァルチャーに乗ってゴジラに特攻し、自身の命と引き換えにこの世界とギドラの繋がり、
ナノメタルの脅威、そしてゴジラへの憎しみを絶った。
小説により、母親は欧州奪還作戦におけるパリの戦いの英雄ハルカ・ヤシロ、
父親は国連調査官としてこの小説の物語を記録したアキラ・サカキと判明。