南雲機動部隊の後方には、戦艦大和を旗艦とする連合艦隊主力と、ミッドウェー占領のための陸軍上陸部隊がいた。

MI作戦はミッドウェー占領と米空母部隊殲滅の両方を狙っていた。
陸軍部隊のミッドウェー上陸が6/7の予定だったので、南雲機動は、それまでにミッドウェー諸島の米軍施設を爆撃破壊する任務があった。
米空母部隊が出てくるかは不明だったのでミッドウェー占領と米空母部隊殲滅と、どちらを優先するべきか混乱していたらしい。