MS-3が同一パッチ内で変更できるパラメータは最大８。これは現在の使用なのでその範囲で工夫するしかないですが、
8つは使える。一つや二つじゃ無くて８つだ。と前向きに捉えてます。
自分は歪みの種類を同一パッチ内で変えることはしないけど、カレントSWを踏んでいる間だけ、歪み量と歪みレベル、
リバーブのレベルを増やす設定はASSIGNで設定してます。
エフェクトの種類を変えるのはDLYでデフォルトではDUAL-L/Rの付点八分でエフェクト量は多め、
増設SWのONでDLYをDUAL-L/RからMODULATEへ、付点八分から4分音符へ変更させたりしてます。

外部エフェクターのパラメータ変更させるにも8つのASSIGNでやり繰りしなければならないのは一緒ですので、
MS-3のMIDI_OUTを別のMIDIコマンド出力機器と信号のマージさせ、そちら側に不足分を担当させるって方法が考えられますよね。
SOURCE AUDIOのSA165 SOLEMANとか。
GT-1000はASSIGNが16個設定できますが、16で足りないなら同じですよね。