ある漆黒の夜、日本警察にスパイが侵入。
イギリスの「MI6」、ドイツの「BDN」、アメリカの「CIA」など各国の諜報機関、さらにはFBIの機密データを持ち出そうとするが、
間一髪のところで安室透率いる公安が駆け付ける。スパイは車を奪って逃走。
高速道路で安室とのデッドヒートを繰り広げ、他の車をも巻き込む大惨事になろうとしたその瞬間、
スパイの車はFBI赤井秀一のライフル弾に撃ち抜かれ、道路の遙か下へ転落していった―。

翌日、コナンたちは東都水族館へ遊びにきていた。
リニューアルしたばかりで大盛況の水族館。
その目玉となる巨大観覧車の下で、コナンはケガをして独りたたずむ容姿端麗な女性を発見する。
見ると、左右の瞳の虹彩色が異なる、通称“オッドアイ”だった。
しかし、女性は自分の名前もわからないほどの記憶喪失状態で、所持していた携帯電話は壊れてしまっている。
その記憶が戻るよう手助けをすることを約束したコナンたちは、そのまま一緒に過ごすことに―。一部始終を陰で監視していたベルモット。
そしてその場を後にしながらサイレンサーを取り出し、装着していたインカムに言い放った。「そのつもりよ、ジン。」