新幹線とか鉄道の営業上のメリットは短距離・中距離・長距離を兼ねられるとこか。
同じ東京〜博多の列車で新横浜〜名古屋くらいの中距離客も東京〜広島くらいの長距離客も運べる。
しかし飛行機は離陸空港から着陸空港までノンストップだからそうは行かない。
羽田〜福岡便だったら東京〜福岡を移動する人以外は使えない。
どっかの国には経由便というのもあるそうだが、途中の空港に離着陸すると鉄道とは比べ物にならない所要時間増になる上にエネルギーも鉄道の加減速の比じゃないくらい消費する。
たとえば羽田〜福岡便がもし途中伊丹空港に立ち寄ったらそれだけで所要時間は30分くらい伸びるだろう。
それでも東京〜福岡なら新幹線より早いだろうけどそんな無駄なことはまずしない。

のぞみは東京〜博多を直通してる。東京〜福岡は飛行機が圧倒的に優勢だが、東京〜大阪・岡山・広島や名古屋・大阪〜博多で互角以上の勝負ができていれば東京〜博多の需要がなくても問題ない。
JRもあえて東京〜博多で客を取りに行こうとはしてない。
しかし飛行機は行き先によって別の便になるから需要が少ない空路は飛ばせない。
羽田〜名古屋小牧とか羽田〜仙台とかは新幹線が圧倒的に優勢で需要が見込めないので飛ばしてない。
羽田〜伊丹ならまだ需要あるからあるんだろうな。