リンゴから連想されるのはアダムとイヴ、聖書、物理学
オッペンハイマーとボーアとの会話で蛇というワードを用いた会話が劇中2度繰り返し行われていることから聖書を強く意識させようとしている？
（最初に蛇についての会話が行われた際、青酸カリ入り毒リンゴをボーアが手に持っていたため、敢えて蛇の会話をオッペンハイマーとボーアが持ち出したのかもしれない）

個人的にはリンゴが知恵や物理学の象徴で、本来良い方向で使えば人々の生活をより豊かにするものであるにも関わらず、悪意ある人の手によって兵器ともなりうるってことの隠喩だと思う。