映画のセリフです。
It ain't what you don't know that gets you into trouble.
(厄介なのは知らないことじゃない)

It が主語(S)
ain't が動詞(V)
what you don't know が述語(C)だと思いますが、

that gets you into trouble の文法構造はどうなっているのでしょうか?

It...that構文? それならthat以下の主語があるべきだと思うのですが…