What did you do with my baggage?
私の荷物はどうしましたか

という文について恥ずかしながらdo withがわからなかったので調べていたのですが

do with...
[疑問代名詞whatを目的語として](どのように)...を処置する
do A with B
(通例Aはwhat)B<人・物・事を>...に処置する
とありましたが、ここの「疑問代名詞whatを目的語として」というのがうまく理解できません。
疑問代名詞については疑問文を肯定文にした際に他動詞・前置詞の目的語になるというぐらいの理解です。
どなたかよろしくお願いします。長文失礼しました。