>>580
辞書による違いは、まず基準とする音声が編者によって違っている
点が挙げられると思います。

次に、辞書に使われている発音記号の記号自体はジョーンズ式なり
IPAに従ったものですが、その音そのものはIPAの定義とは若干
異なっている場合があります。
正確な定義はその辞書の凡例を見るのが一番です。

ちなみにdaughterとwaterの発音ですが、
Longman Pronunciation Dictionary では
ˈdɔːt ə ‖ ˈdɔːt̬ ᵊr ˈdɑːt̬-
ˈwɔːt ə ‖ ˈwɔːt̬ ᵊr ˈwɑːt̬-

Cambridge English Pronouncing Dictionary では
ˈdɔː.təʳ 米 ˈdɑː.t̬ɚ, ˈdɔː-
ˈwɔː.t|əʳ 米 ˈwɑː.t̬|ɚ, ˈwɔː-

となってるよ。