先住民を一人残らず殺戮または追放したのなら
そんな大事件は必ず神話や伝説として文化に痕跡を残してるはず
そんなの聞いたことがないからそんな事件があったとは考えにくい

そうすると考えられることとしては
先住民が疫病か何かで全滅したあと無人島となった沖縄に日本人が入植したとでも考えるしか無い