幕府にとっては、乱が辛勝（幕府主観）だったからこそ、承久の乱の責任者たる三上皇の復帰は絶対に避けたいことだよ
中でも後鳥羽は絶対に論外。

幕府の危惧としては、上皇が雪辱を期して復権する危険が少しでも出るようなことは許容し得なかった。

朝廷側の主観ではトラウマ級の大敗だったから関係者は帰京を許しても復権は有り得なかったんだろうけど、幕府はそうは思わなかった。
帰京を許せばきっと復権を果たし、再度の挙兵の果てに、こんどこそ倒幕を成し遂げるのではないかと強く恐れていた。
三上皇の内でも最高責任者である後鳥羽こそ、絶対に帰京させてはならない危険人物だったから、突っぱねるのが当然だよ。

三上皇問題なければ、幕府としては皇位継承に干渉したくなかった。
ただ、朝廷内での主導権争いで劣勢になった者が捲土重来を期して幕府の干渉を求めたので、関わらざるを得なくなっただけだ