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「日本書紀」は「やまとのふみ」なので、「ヤマト王権」前の歴史が書かれていないのは当然。
「吾妻鏡」が東国(鎌倉)政権の史書であって、前の平安朝廷の歴史が書かれていないこと、
「徳川実紀」が徳川幕府の史書であって、前の室町幕府の歴史が書かれていないこと、
これとおんなじです。