仲（木下弥右衛門）ー秀吉（淀）ー秀頼
→（父系は弥右衛門系のY染色体、母系は淀系のミトコンドリア）

仲（木下弥右衛門）ー智（三好吉房）ー秀次
→（父系は三好吉房系のY染色体、母系は仲系のミトコンドリア）

ってことで、全く別のY染色体とミトコンドリアが検出されるはずで、
同じ弥右衛門の血筋を引いているにしても、
男ー男ー男で引いてる秀頼と、男ー女ー男で引いてる秀次では、血縁
であることを証明できないと思うんだが。
（２人の血縁の間の人物のデータが満足に揃うっていうなら別だろうけど。）