ヒトゲノム中のSNP（単一塩基多型）を示す１００万塩基サイトを一挙に調べた結果がこれ

日本列島３人類集団の遺伝的近縁性　平成24年11月1日
総合研究大学院大学
http://www.soken.ac.jp/news/5276/

図３
http://www.soken.ac.jp/wordpress/wp-content/uploads/2013/12/20121017171838_4.jpg
＞どちらの場合も、横軸（PC1）の右端にアイヌ人が、その隣に琉球人、本土日本人がこの順に並んでおり、
＞日本列島の人類集団の特異性を示している。
台湾漢民族（Han-Tｗ）
台湾原住民（Native　Taiwanese）
韓国人（Korean）

図４
http://www.soken.ac.jp/wordpress/wp-content/uploads/2013/12/20121017172022_1.jpg
＞図４ａは、根井の標準遺伝距離を東アジアの２９人類集団間で計算し、
＞それらに対して近隣結合法により系統樹を作成した結果である。
＞アイヌ人、琉球人、本土日本人がひとつの枝（クラスター）をなしている。

＞図４ｂは、対立遺伝子頻度データから最尤法を用いて系統樹を作成し、
＞枝の信頼性を測るためにブーツストラップ確率も計算した結果である。
＞アイヌ人と琉球人が１００％の確率でクラスターを形成し、
＞このクラスターと本土日本人がやはり１００％の確率でクラスターとなり、
＞この日本列島人クラスターにさらに韓国人が加わって、
＞他の東アジア集団につながっている。