高師直の「生きた天皇など流刑にしてしまえ」も太平記の発言に過ぎず
おそらく彼の立場上実際にはそんなこと言えなかったろうと思うけどね。
高一族自体も、天武天皇・長屋王の末裔の高階氏、または足利の支族すなわち清和源氏だ。

天皇たち公家の政治権威が最も低迷してた江戸時代でも、
天皇は2万石(のち3万石→10万石と加増)、摂関家は各家が数千石、その下でも数百石をもらってて(無論、実収入と支出の問題はあれど)、
武士でも、小藩の家老渡辺崋山は300石、会津藩筆頭家老西郷家でも1,500石、吉良上野介が3,000石(加増で+1,000石)、小栗上野介忠順だって旗本3,000石…
だから、公家は支配階級であり続けた。
庶民とは比較にならない。
公武と言っても、支配階級の内部で栄枯盛衰があっただけ。

平安時代の武士がまだまだ天皇たち最上位の支配階級に及ばなかったとしても、
国司だったり、社会の上層の人たちではあった。