そうですね。
曾祖父A（明治31年生）は昭和14年に認知された時は既に40代であり、
20代の頃に養子縁組をして現在の私の名字の家に入って来てるので、
届出をした人物B（明治40年生）の戸籍には当然入っていません。


届出をした人物Bと、明治40年生の人物が
同姓同名の別人という可能性もあります。

認知届が出された数年後に彼（明治40年生）は役所に申し出て名前を変えており、
同姓同名である曾祖父の実父と混同されるのを防ぐために改名を認められたのかもしれません。

いずれにせよ、当時（昭和14年頃）何らかのいざこざがあった事は間違いありません。