>>131
申し訳ありません。
少し整理してみました。
いずれの場合もBが実父というのは（曾祖父が明治31年生のため）生物学上ありえないとして、

・曾祖父の認知届けを役所に出した結果 父親として記載されている人物A
（生年の記載無し、本籍地はX部落1番地、昭和14年に届出)

・曾祖父の叔父（母の弟）の婿養子B
（明治40年生、本籍地はX部落2番地、昭和17年に改名)

このA, Bが同姓同名であるため同一人物なのか別人なのか不透明というのが問題となっています。

ですが、Bの戸籍に認知届をした旨が記載されていないので別人である方が自然と思えてきました。
この場合、Bの改名は曾祖父の認知者と混同されるのを防ぐためと納得できます。
Bはそもそも婿入りの結果Aと同姓同名になったので、役所から改名を認められるのも頷けます。

それに何よりAが認知した父親の代理人だとしたら、曾祖父の父親欄にもAの名前が載るのは不自然です。

とりあえず、Aの本籍地が曾祖父の戸籍に載っているため
それを手掛かりにAの戸籍を申請してみようと思っています。