おれのプログラムだとメインのクラスが

public class Main extends JFrame implements Runnable {}

と宣言されていて、MainにRunnableを実装している
なので、Mainクラスのなかにpublic void run()をオーバーロードする目的で設置することになる

もし1つではなく２つスレッドを作りたい時は
MainにRunnableを実装するのではなく

スレッド用に２つ新しいクラスを作って、これらがRunnableを実装する（またはThreadを継承）
それぞれのクラスの中にpublic void run()をおいて処理内容を書いていくとわかりやすいかな