よく混ぜて酸素含ませてやれば好気性菌が元気になって調子良くなるんじゃないかな。
嫌気性の菌だけ入れてもそれで嫌気環境になるわけじゃなし。管理の問題ですよ。
環境を作るのはあなた。それに応じた菌が増えるだけ。