以下の文で少しわからないところがあります。
皆様のお力添えを頂けないでしょうか？

3行目の　「but had also faciliated its access ....」のところです。
この had は見かけどおりの過去完了形ととらえていいのでしょうか？
それとも、「have + O + p.p.」　で、Oが長いので後ろに移動して、
「have + p.p. + O」 の形になったと考えるべきでしょうか？

過去完了形と考えるなら、過去形の protected と過去完了形が並列する形で
気持ち悪く感じますし、had + O + p.p. → had + p.p. + O に変形というのも
違う文になってしまってるんじゃないかと考えてしまいます。

以下が原文となります。
"A main reason why Japan could concentrate on its own economic
growth was of course that the United States not only protected the
country militarily but also had facilitated its access to international
markets, first and foremost."
(The Cold War: A World History, P.560)