>>257 の例でいうと

He knew she had been there

で、sheがthereにbeしたのは、勿論、knewの時点より
前の<大過去>の事実であることを示している

で、次に問題になるのが、この過去完了形を
上の1.2.3.のどれに当たるか、となるわけ

>大過去じゃなくて経験の過去完了だから

こういう説明は混乱を招くだけ