>平治直後に義平に味方するメリットは新田にあるか?

新田には限らないが、関東武氏団として、
朝廷や六波羅平氏以外の選択肢が確保できるというメリットがある。

>でも長期間となると疑問。

奥州藤原氏のところにでも逃げ込んで、
しばらくホトボリが冷めるまで匿ってもらうしかなさそうだ。

>頼朝以前に地方で反乱を起こしても成功した前歴がなかったことも付け加えておく。

王朝国家が揺らぎ始めているし、畿内で清盛政権が出来たのも事実。

武氏の力が、次第にの朝廷のパワーを押しのけ始めている。