愛子様の女性天皇を望む人が一定数いるようですが女性天皇から女系になってしまうと神武天皇のY染色体が皇族から途絶えてしまうことになります。

そこで、悠仁親王と愛子様が結婚すればどちらが天皇になろうとも神武天皇遺伝子は子供に引き継がれるので良いのでは？と思われますが、何か問題はあるでしょうか？

豊臣秀頼と千姫の結婚と同じですから問題はないように思われますが、どうでしょう？